昭和14（1939）年3月，創立為「臺南州菁寮公學校新港東分教場」
昭和16（1941）年4月，改稱為「臺南州菁寮國民學校新港東分教場」
昭和17（1942）年4月，興建教職員宿舍二間
昭和20（1945）年10月，獨立改稱為「臺南縣後壁鄉新東國民學校」，徐現接任第一任校長
民國35（1946）年2月，改稱為「臺南縣後壁鄉第四國民學校」。
民國36（1947）年1月，鄭芳龍接任第二任校長；2月改稱為「臺南縣後壁鄉新東國民學校」。
民國36（1947）年3月，第三任校長「李金磬」奉令到任。
民國40（1951）年2月，趙水恭接任第四任校長。
民國41（1952）年9月，連清雲接任第五任校長。
民國42（1953）年2月，新建校長宿舍一間；9月陳景秋接任第6任校長。
民國43（1954）年10月，新建教室二間
民國44（1955）年10月，新建教室三間宿舍一棟（四間）
民國47（1958）年9月，第七任校長「莊俊元」奉令到任；10月，新建辦公室一間
民國48（1959）年2月，新建三對等教室三間
民國51（1962）年10月，新建三對等教室二間
民國52（1963）年3月，新建三對等教室一間
民國56（1967）年1月，新建大禮堂一座
民國57（1968）年8月，改稱為「臺南縣後壁鄉新東國民小學」。
民國58（1969）年8月，李義田接任第八任校長
民國61（1972）年8月，第九任校長「陳麗蕊」到任。
民國64（1975）年12月，新建二樓教室六間。
民國67（1978）年4月，新建二樓教室六間；9月，第十任校長「陳文霖」到任。
民國75（1986）年8月，第十一任校長「詹大吉」到任。
民國85（1996）年8月，第十二任校長「蔡秀娥」到任。
民國89（2000）年8月，第十三任校長「黃杏花」到任。
民國93（2004）年93年度校園改造計畫：司令臺左側的桃花心木林區施作透水性鋪面及健康建材與自然素材（枕木步道及枕木平臺）。
民國96（2007）年8月，第十四任校長「吳建邦」到任。96年度校園改造計畫：一、辦公室右側透水性鋪面；二、南面及西面圍牆降低並種植七里香；三、改造校長宿舍，活化宿舍空間的利用；四、利用打除圍牆及水泥面填於辦公室後方及圍牆間，以營造植栽的環境。
民國97（2008）年，97年度校園永續計畫：教職員雙併宿舍及榕樹間教學庭院空間改造。教職員宿舍自力修繕。6月，木造辦公室暨校長宿舍公告登錄為縣定歷史建築。獲選執行農糧署的「學童種稻體驗計畫」。發表新東國小學童種稻品牌的「心動玉白米」Logo。
民國98（2009）年98年度校園永續計畫：舉辦「創意修繕達人-83工作室」、「南瀛2009古厝新生-創意交流」活動。
民國99（2010）年禮堂修復。 99年度校園永續計畫：以資源回收及閒置空間再利用為課題，改造資源回收與工具室，改造環境及空間；整修圖書室。
民國100(2011)年
教育部100年整合活化空間資源與發展特色本位課程發展特色學校佳作
市長盃國小田徑錦標賽男童丙組100公尺榮獲第一名、60公尺第一名、第六名
徑賽錦標第二名 總錦標第四名
GreaTeach-KDP 2011全國創意教學獎 自然與生活科技領域 特優。
民國101(2012)年
101年度教育部教學卓越獎幼稚園組金質獎(全國唯一) 。
民國102(2013)年
承辦101學年度移民署全國新住民火炬計畫榮獲績優學校。
民國103(2014)年
出版自力修繕老房子兒童繪本「誰來敲門？」
75週年校慶暨木造辦公室落成啟用，專刊「守護老房子記錄」
「臺南市歷史建築新東國小木造辦公室修復工程」，獲臺南市政府推薦參選行政院公共工程委員會第14屆公共工程金質獎榮獲特優。
民國104（2015）年7月出版桃花心木媽媽繪本
民國104（2015）年8月，第十五任校長「林秋美」到任。
