本校位於善化區北，曾文溪畔，環境清幽，風光旖麗；絕鬧市之繁囂，有靜幽之佳勝。日據時期為善化尋常小學；光復後改為善化第二國民校。

民國卅五年三月，以原址籌設台南縣立善化初級中學，並派鎮長施震炎兼理校務。同年十一月，政府派劉育奇先生為首 任校長。劉氏披荊斬棘，慘淡經營，發展校務，成效卓著。

四十一年六月，劉校長他調，由蔡大港先繼任，先後充實設備。四十八年九月，蔡校長調職由黃華昌先生繼任，由於增建教室，擴充班級，致校譽日隆。

五十四年十月，黃校長調學甲初中，由李文水先生接任，繼續發展校務，五十七年九月，政府實施九年國民教育，本校改制為「台南縣立善化國民中學」。

五十九年九月，李校長調佳里國中，以梁昔先生繼任，拆除舊教室，興建大樓，成立橄欖隊，享譽東瀛。

六十四年，梁校長榮調台北縣新莊國中，由黃銀德先生接任。黃校長年輕有為，實事求是，推行校務，不遺餘力。其間改建危險教室，新蓋工藝大樓，完成理化實驗教室，學生活動中心－中正堂。

七十三年二月，黃校長調升省立新化高工。沈琦先生接任，沈校長接任後，擬訂本校五年發展計畫，辛勤耕耘，斐然有成。

七十八年二月，沈校長屆齡退休，許顯男先生接任，落實精進，充實圖書，翻修操場，益臻校譽。八十二年三月，許校長榮調佳里國中。林耕年先生奉命接任，精心擘劃，開創新局 ，突顯辦學績效。

八十三年二月，林校長榮升省立恒春工商，由馮玉麟接任，以正確辦學理念，永續經營，領導全體同仁，結合社區力量 ，為貫徹教育目標而努力奮鬥，在其任內先後完成光文樓的與建，使得本校擁有一流的行政大樓，操場跑道全面更換成 PU 跑道，使學生免受塵土之苦。並於卸任之前，汲汲營營奔走四方爭取南楝大樓的改建，並獲上級主管機關的同意改建，馮校長任內帶領全體同仁全力以赴，辛苦經營，將善中帶領至一個多元化的學習環境。

九十一年八月，馮校長任期屆滿，榮調下營國中，由張基祥校長接任，張校長是本校校友，回至母校服務，張校長自詡為服務團團長，帶領著行政服務團隊，教學服務團隊，為母校來服務、打拚，帶領著善中更上一層樓。

九十四年八月，張基祥校長榮退，由劉財坤校長接任本校第十二任校長。劉校長年輕有為，對內處處以身作則，鼓舞師生士氣，發揚善化國中優良傳統；對外廣結善緣，籍力爭取各方社會資源，備極用心以提供全體教職員工嶄新的教學環境。更本著一切措施為教育，一切努力為學生的教育理念，全心奉獻，嘉惠學子。

九十八年八月，劉財坤校長任期屆滿，榮調官田國中，由胡清旺校長接任。胡清旺校長以校友之名，發展校績，不遺餘力，服務母校更是別具用心。

九十九年十二月，臺南縣市合併為直轄市，學校更名為「臺南市立善化國民中學」。

一零二年八月，胡清旺校長榮退，由楊記賓校長接任本校第十四任校長，楊記賓校長年輕有為，積極進取，勢必會為善化國中帶來一番新氣象。

一零六年八月，楊記賓校長任期屆滿，榮調菁寮國中，由林銘宏校長接任本校第十五任校長，現任林銘宏校長積極進取且重視團隊合作，以建構溫馨和諧永續校園為辦學願景。