台灣多數學校，承日據時期基礎，光復後不過踵事增華而已，惟本校則不然。
三十五年四月，政府順應新豐人士之請求，籌設本校。初名為(台南縣立新豐初級中學)，派莊紹銘先生為校長。四月三十日借用原歸仁國校部份校舍勉強設立，招男女生各一班，旋添置土地於後市村，翌年三月遷入新校舍。蓽路藍縷，艱難備嚐，一磚一瓦莫非草創，至此略具基礎。四十年莊氏去職他就，由縣府科長王天燧兼代。十二月胡大春先生接掌，四十二年三月胡氏因事他就，乃由王氏兼代。
及四十二年六月余瑞霖先生啣命接事，此時全校校方六班，學生二八九人。余氏到任，訂定長期發展計劃，夙夜在公，匯合地方資源。學校師生全力鼎助，十六年間陸續建成成功大樓、百齡大樓、薌江大樓、格致樓、介壽館、光華館、陽明院、勝利池、介壽池等建築。圖書儀器亦先後充實，至此學校基礎底定，規模宏富。四 十七年且升格為「完全中學」，校名改為「台南縣立新豐中學」。至五十六年止，初高中合計畢業廿一屆，學生達四二七名，五十七年八月余氏奉調創辦旗美高中。
自五十七年始，實施九年國民教育，本校奉令停辦高中，改制為「縣立歸仁國中」，由郭水金先生接掌。十二年間先後完成科學館、工藝館、給水系統等細部工 程，及六十九年郭氏他調，吳錦明先生接任，是為第五任校長。大刀闊斧，除舊佈新，學校面目一新。及七十四年吳氏榮調，由原麻豆國中校長黎盛榕先生接任，學 校已達六十四班，一躍為台南縣的大規模國中。黎氏乃一老教育家，蒞校後重視教職員福利，關心學生，和以處世，推廣校務，七十五年地方人士協助重築校門，學 校更是魏峨生輝，七十七年八月陳國偉先生接掌本校，極力提昇教育品質，擴充資訊設備。七十九年二月陳國偉校長榮調埔里高中，由楊調勇校長接任，重視五育均 衡發展。八十二年二月郭達永校長奉令接任校長，不管是足球、田徑、科展、合唱等屢獲全國性比賽、冠、亞軍。且升學率更上一層樓，創下歷年來最高記錄。
九十年八月郭校長榮調南科國中，由黃光明校長接任。薌江樓改建，逐年規劃校園優質環境，九十一學年度更代表台南縣參加全國音樂比賽榮獲直笛組優勝，亦在九十二學年度縣長盃足球錦標賽榮獲冠軍，成果輝煌。九十一、九十二學年度因應多元教學之發展，相繼成立國樂班及青少棒隊，且於九十二學年度參加南縣音樂比賽得到國樂第一名，室內絲竹樂第一名，全國國樂比賽優等，室內絲竹樂等等獎項，青少年軟式棒球聯誼賽冠軍等等，成果輝煌。
九十二年二月黃光明校長榮調台南女中，由教務主任施武典任代理校長職務，施代理校長秉承歷代校長之理念繼續經營，使得校務持續發展。
九十三年八月鄭淵仁校長奉命接掌本校，初上任適逢教育部雷厲風行欲徹底實施常態編班，由於鄭校長精誠勤奮，使得全校師生及家長認同肯定而順利推行常態編班，使得歸仁國中更臻因材施教，多元理念學習環境。
民國九十五年本校六十週年校慶，學校更精心擘劃一系列慶祝活動，如三年級的「成年禮」及闖關遊戲；一、二年級園遊會，「藝讚風華」才藝競賽；教務處 「師生作品成果展」；訓導處「時光迴廊」等等，有家長會長鄭憲松先生贊助全部經費的明星演唱會，邀集眾多藝人共襄盛舉，使慶祝活動達到最高點。校長及全體教職員工用心經營下，歸仁國中持續穩健成長，營造精緻優質學習的桃花源，培育英才而燦耀杏壇。
民國九十六年四月歸中圍牆解構暨校園景觀改造正式揭牌啟用，此前瞻創新十足的友善校園建構係由家長會長鄭憲松先生全心全力全額捐助改造完成，期許歸中成為杏壇的標竿藍海學校。
民國九十七年三月一日歸中在前家長會長鄭憲松賢伉儷、李俊毅立委、陳特清鄉長及曾王雅雲議員、林逢春議員、黃明進議員、各民代與國樂班家長們之鼎力支持贊助下，揭啟台灣國樂史上新的扉頁，浩盛的 180 人國樂大合奏（與歸南國小、新豐高中、一中、南女）在台灣燈會上協奏精湛動人、藝高「仁」膽大的音樂饗宴，接著 3 月 3 日在全國音樂比賽又勇奪大合奏冠軍（連續 95 、 96 、 97 年）。在 2008 台灣燈會之全國花燈比賽中，歸中榮獲 2 件特優、 2 件優等、 2 件甲 等之佳績，且特地將這 11 座大型藝術創作花燈結合學區各國小 15 座花燈聯合在歸中校園前庭展出，展現愈夜愈璀璨美麗的「花燈秀」。
鄭校長為了建構孩子優質之閱讀習慣態度，強化孩子「五力」－理解力、專注力、意志力、包容力、感動力，歸中籌措了數十萬元經費，遍尋最佳優良讀物兩千冊書籍，提供孩子們發掘其心靈中的瑰寶，以深化其自我瞭解、自我肯定、欣賞，進而自我期許與自我超越臻至自我實現。
民國九十八年在鄭淵仁校長的領導下，持續營造「優質環境、適性育才、公義關懷、全球視野、永續成長」之核心價值，適切啟迪每位孩子能自我肯定、自我期許、自我超越以臻自我實現，今年在全國音樂比賽更勇奪國樂合奏特優的殊榮。歸中人文薈萃、師生互動真切溫馨，校園處處姹紫嫣紅、鮮嫩欲滴的花朵婆娑飛舞、 迎風招展，展現春意盎然的歸中風貌，歡迎您的蒞臨！
民國九十九年在鄭淵仁校長的領導下，期望讓歸中風華再創高峰與歷史新猷新頁。歸中 ECFA 的主軸計畫係建構落實「H」plan ， High quality 、 High value 、 High school「高」品質、「高」價值的歸仁「高中」，掌握大台南合併升格直轄市的契機與脈動，以強化且優化歸中之競爭力與機會力、長尾力，結合社區與各界仕紳賢達共同推動 ECFA 之 Hplan ，讓未來歸仁高中圓滿順利的誕生且茁壯成長蛻變而成為大台南與全台灣的「ㄧ中」（ㄧ流高中）！
99 年 12 月 25 日係地方自治史上歷史性的里程碑，臺南縣與臺南市合併升格成為臺灣「五都」的直轄市之一，臺南縣立歸仁國中亦正式於 99 年 12 月 24 日邁入歷史印記，而臺南市立歸仁國中於焉在 99 年 12 月 25 日正式揭牌，期許未來成為府城的典範價值學校，首任校長為鄭淵仁校長，將帶領歸中團隊營造最優 質的友善校園暨生態景觀生活美學的低碳綠金學校。
民國 101 年 8 月～105 年 7 月由敬世龍校長領導， 101 年獲教育部特色學校、 104 年獲教育部教學卓越銀質獎。
民國 105 年 8 月～112 年 7 月由黃峻宏校長領導，以「活力」、「希望」、「創新」、「卓越」為方向，經營策略為：有品歸中、樂活歸中、希望歸中、智慧歸中。民國 110 年成立國樂藝術才能班。
民國 112 年 8 月～由吳家增校長領導，以「多元國際」、「卓越學習」、「科創閱讀」、「關懷合作」為方向，多用鼓勵的方式，讓孩子多元展能。培養孩子科創、閱讀、國際移動與團隊合作的能力，為具體策略。
歷任校長
任次 校長 任期 備註
1 莊紹銘 1946 年 8 月－1951 年 8 月
2 王天燧 1951 年 8 月－1953 年 7 月
3 余瑞霖 1953 年 8 月－1968 年 7 月
4 郭金水 1968 年 8 月－1980 年 7 月
5 吳錦明 1980 年 8 月－1985 年 7 月
6 黎盛榕 1985 年 8 月－1988 年 7 月
7 陳國偉 1988 年 8 月－1990 年 2 月
8 楊調勇 1990 年 2 月－1993 年 1 月
9 郭達永 1993 年 2 月－2001 年 7 月
10 黃光明 2001 年 8 月－2003 年 7 月
11 施武典 2003 年 2 月－2004 年 7 月 代理
12 鄭淵仁 2004 年 8 月－2012 年 7 月
13 敬世龍 2012 年 8 月－ 2016 年 7 月
14 黃峻宏 2016 年 8 月－2023 年 7 月
15 吳家增 2023 年 8 月－
