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946 年 7 月，臺南市政府派韓石爐籌設臺南市第一所市立初級中學，校址定於原臺南神社外苑，並於同年 9 月開始招生，稱「臺南市立初級中學」，以韓石爐為首任校長。第二任校長楊德均為效法武訓興學之精神，定武氏出生之 12 月 5 日為校慶。 1951 年試辦高級中學，因校地狹小不利發展，於 1953 年 8 月與逢甲國民學校（今忠義國小）互換校地而遷至現址，並於其後改稱「臺南市立中學」。[1]
1956 年籌辦公園分部，並於隔年 11 月 16 日設校，稱「臺南市立延平初級中學」（今延平國中）；[4]1960 年設灣裡分部，隔年獨立為「臺南市立南寧初級中學」（今南寧高中）。 1961 年因實施「省辦高中，縣市辦初中」之政策，高中部停止招收新生，並將原有之學生移轉至臺灣省立臺南第一中學（今臺南一中）及第二中學（今臺南二中），同時初中部開始招收女性學生。 1968 年 8 月因臺灣實施九年國民義務教育，改為現名