旨揭許可辦法修正重點如下：

1. 配合兩岸人民關係條例第 9 條將涉及「國家機密」之文字，修正為涉及「國家安全、利益或機密。
2. 基於家庭人倫及團聚權之人權考量，進入大陸地區探視之對象，非以申請人之配偶或四親等內親屬係在臺灣地區設有戶籍者為限。
3. 政務人員申請進入大陸地區事由增列轉乘經由大陸地區機場等運輸工具至其他國家或地區一項。
4. 配合兩岸人民關係條例修訂臺灣地區公務員及退離職未滿 3 年之政務人員赴陸返臺後通報規定，並增訂各機關（構）發現通報內容有疑慮時得要求補正或說明。
5. 增訂赴陸人員在大陸地區受強暴、脅迫、利誘或其他手段致有違反相關法令規定之虞，應一併於返臺通報表載明之規定。